PyMOL-MCP: Integrating PyMOL with Claude AI - MCP服务，MCP服务器，MCP教程

基本能力

产品定位

PyMOL-MCP 是一个连接 PyMOL 和 Claude AI 的桥梁，旨在通过自然语言交互实现分子可视化和结构生物学分析。

核心功能

• 双向通信：通过基于套接字的服务器连接 Claude AI 和 PyMOL
• 智能命令解析：支持自然语言处理 PyMOL 命令
• 分子可视化控制：操纵分子表示、颜色和视图
• 结构分析：执行测量、对齐和其他分析
• 代码执行：从 Claude 在 PyMOL 中运行任意 Python 代码

适用场景

• 分子可视化和结构生物学研究
• 通过自然语言交互控制 PyMOL
• 自动化分子分析任务

工具列表

• PyMOL MCP Socket Plugin：PyMOL 插件，用于启动监听和与 Claude AI 通信
• Claude Desktop：配置 MCP 服务器以连接 PyMOL

常见问题解答

• 连接问题：确保 PyMOL 插件在 Claude 尝试连接前已启动监听
• 命令错误：检查 PyMOL 输出窗口中的错误消息
• 插件未显示：重启 PyMOL 并确认插件安装正确
• Claude 无法连接：验证 Claude 配置文件中的路径是否正确

使用教程

使用依赖

• PyMOL 已安装在系统上
• Claude for Desktop
• Python 3.10 或更新版本
• Git

安装教程

1. 安装 UV 包管理器
2. macOS: brew install uv

3. Windows: powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"

4. 克隆仓库
   bash
git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

5. 设置环境
   bash
python -m venv venv
source venv/bin/activate # macOS/Linux
venv\Scripts\activate # Windows

6. 安装依赖
   bash
pip install mcp

7. 配置 Claude Desktop

8. 打开 Claude Desktop
9. 转到 Claude > Settings > Developer > Edit Config

10. 添加 MCP 服务器配置

11. 安装 PyMOL 插件

12. 打开 PyMOL
13. 转到 Plugin → Plugin Manager
14. 安装 pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py

调试方式

1. 启动连接
2. 在 PyMOL 中：Plugin → PyMOL MCP Socket Plugin → Start Listening

3. 在 Claude Desktop 中：点击工具部分的锤子图标访问 PyMOL 工具

4. 示例命令

5. "Load PDB 1UBQ and display it as cartoon"
6. "Color the protein by secondary structure"
7. "Highlight the active site residues with sticks representation"