基本能力
产品定位
PubChem MCP Server 是一个为 AI 助手提供化学化合物信息搜索和访问的中间件服务。
核心功能
- 化合物搜索：通过名称、SMILES 或 CID 查询 PubChem 化合物
- 化学结构：访问分子结构和标识符
- 属性数据：检索详细的化学和物理属性
- 高级搜索：结合多个参数进行精确查询
- 分子可视化：生成和显示分子结构
- 属性分析：比较多个化合物的属性
- 本地存储：保存常用化合物以加快访问速度
- 化学提示：专门用于化学分析的提示
适用场景
- AI 助手需要查询化学化合物信息
- 研究人员需要快速获取化合物详细属性
- 教育场景中展示化学分子结构
- 化学数据分析和研究
工具列表
- search_pubchem_by_name：通过化合物名称搜索
- search_pubchem_by_smiles：通过 SMILES 字符串搜索
- get_pubchem_compound_by_cid：通过 CID 获取化合物详细信息
- search_pubchem_advanced：高级搜索（可组合多个参数）
常见问题
- 需要 Python 3.10+ 环境
- 需要安装 FastMCP、pubchempy 和 pandas 等依赖
- 使用时需遵守 PubChem 的服务条款
使用教程
使用依赖
bash
pip install mcp pubchempy pandas
安装教程
通过 Smithery 安装
bash
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubchem-mcp-server --client claude --config "{}"
手动安装
bash
uv tool install pubchem-mcp-server
开发环境设置
bash
git clone https://github.com/JackKuo666/PubChem-MCP-Server.git
cd PubChem-MCP-Server
uv venv
source .venv/bin/activate
uv pip install -r requirements.txt
调试方式
启动服务器：
bash
python pubchem_server.py
使用示例：
```python
通过名称搜索
result = await mcp.use_tool("search_pubchem_by_name", {
"name": "aspirin",
"max_results": 3
})
通过 CID 获取详细信息
result = await mcp.use_tool("get_pubchem_compound_by_cid", {
"cid": 2244
})
```
